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人工輔助授粉是玉米制種種子生產中合理利用花粉，提高結實率，增加產量的有效方法。要收到理想效果，必須注意以下幾點：
選擇采粉株：玉米雄穗的開花順序是：先從主軸中上部的小花開始，然后向上向下同時進行。因此根據玉米雄穗開花的規律，要選擇雄穗中上部開花的父本采集花粉。
宜時采粉：在無風或微風的晴天，露水干后，一般上午9點以后采粉為宜，陰天可延長到下午。采粉時，一只手捏住雄穗輕輕搖動另一只手拿采粉器接住花粉。采下的花粉過篩后分批量裝到授粉器里，以免一次裝多成疙瘩。采粉時切忌用金屬皿作收粉器和授粉器，以免降低花粉活力。另外，對旗葉包的緊的品種，要先將旗葉扒開再采粉。
選擇授粉株：授粉時要根據母本花絲形態來判斷是否受精。若花絲委焉，停止生長，已變成褐色，說明該雌穗已受精，不必再授粉，反之則未受精。選擇未受精的植株。授粉時，若花絲太長，不利于受精，應將花絲剪短，只留15厘米左右，呈絨球狀，互不掩蓋，以利于授粉。
邊采粉邊授粉：玉米花粉的生活力一般只維持5小時～6小時，如遇高溫、高濕、干燥等不良條件，或大量花粉堆積在一起粉成團塊狀，則壽命更短。所以要邊采粉邊授粉。授粉一般在晴天進行，授粉適宜溫度是25℃～30℃，授粉適宜時間是上午露水干后到中午12點或下午4點至7點進行，雨后花絲上有水時不能授粉。
授粉方法：花粉采后先倒倒入搪瓷杯中，杯口蒙一層尼龍紗，用橡皮筋扎緊，杯口朝下搖動，將花粉篩入授粉器中，這樣就可濾去穎殼。授粉器采用半徑2厘米～3厘米，長15厘米～20厘米的竹簡或硬紙筒。將筒的一端用2層～3層尼龍紗或一層紗巾封口，將粉裝入筒內。
授粉時，將授粉器置于花絲正上方3厘米左右，將扎有紗巾的那端對準花絲，輕擊授粉器，花粉就會落到花絲上。若過低易觸及花絲，使授粉器底部模糊，影響花粉散落。
授粉次數：授粉次數一般依據父母本行比而定。根據多年經驗，父母本行比為1：4或1：6的制種種子田，一般進行兩次，第一次在散粉初期，第二次在散粉末期。父母本行比為1：8或1：10的大行比制種種子田，需進行4次人工輔助授粉。第一次在田間母本吐絲株達40%時進行，第二次在田間母本吐絲株達70%時進行，第三次在田間母本吐絲株達95%時進行，隔2天～3天進行第四次。
實踐證明，一般組合制種種子田通過人工輔助授粉畝可增產50斤～100斤，母本高副本低的組合及自然授粉難度大的組合畝可增產200斤～300斤，采用人工輔助授粉是投資小收效大的好辦法。
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